有許多病原體可以感染攝護腺，引起攝護腺發炎。常見的病原體包括細菌、真菌、支原體、衣原體、放線菌、寄生蟲以及病毒等，其中以細菌感染最為常見，細菌感染是細菌性攝護腺發炎的病因。細菌可以單獨感染，也可以與2種以上的細菌混合感染。
一種或多種細菌與真菌、支原體或衣原體混合感染的情況是比較常見的。人體乳頭瘤病毒、單純皰疹病毒Ⅱ型和人類巨細胞病毒與慢性攝護腺發炎有密切關系。
陰道毛滴蟲是引起攝護腺發炎較為常見的病原體之一。包蟲、絲蟲或阿米巴原蟲感染引起的攝護腺發炎也有報道。放線菌可以引起攝護腺的慢性感染，主要是由於內源性感染所致。
