引起腺性膀胱炎的原因主要有以下4種學說。
1、感染或結石等的長期刺激。膀胱內的移行上皮，即膀胱黏膜受到細菌的感染或結石和異物的刺激，以及在殘餘尿液中某些物質的長期刺激下，膀胱黏膜上皮化生，基層細胞呈灶狀肥大症，並延伸至固有膜，形成實性上皮細胞巢樣的腺樣結構，這種膀胱炎症即稱為腺性膀胱炎；上皮細胞不斷分泌黏液，並形成含有黏液的囊腔，這種膀胱炎被稱為腺型囊性膀胱炎。
2、由胚胎器官發育形成。部分內胚層的腸上皮細胞殘留在膀胱中可發育形成移行上皮下結締組織內的腸上皮樣腺體。從胚胎學上考慮，膀胱與直腸共同起源於原始洩殖腔，腺性膀胱炎的膀胱內腺體在形態學上與正常腸腺很相似，這些腺體可能是胚胎剩餘發展而成。
3、與人類乳頭瘤病毒（HPV）感染有關。腺性膀胱炎具有乳頭狀和濾泡狀肥大症、上皮細胞內空泡樣病變等特點，這些特征與人類乳頭瘤病毒感染的病理特征相似，特別是上皮細胞內空泡樣變，被認為是人類乳頭瘤病毒感染的特征性病理征。
4、其他。還有個別報道認為腺性膀胱炎與維他命缺乏、變態反應、有毒代謝產物、激素失衡和特殊致癌物等有關。
