雖然目前醫學上對大多數慢性攝護腺發炎的病因仍缺乏全面準確的認識，治療效果也不盡如人意，但近年研究表明，慢性攝護腺發炎的發生與下列五種因素密切相關。
原因之一、攝護腺充血
各種不同原因引起的充血特別是被動充血，是攝護腺發炎的重要致病因素。患者發病往往不是由於細菌感染或微生物入侵所造成，但卻會形成炎症反應並引起攝護腺發炎。
原因之二、尿液刺激
醫學上稱尿液刺激為化學因素。尿液中含有多種酸堿性化學物質，當病人局部神經內分泌失調，引起後尿道壓力過高、攝護腺管開口處損傷時，就會造成尿酸等刺激性化學物質返流進入攝護腺內，引起慢性攝護腺發炎。
原因之三、病原微生物感染
各種微生物如細菌、原蟲、真菌、病毒等都可成為導致攝護腺發炎的感染源，其中又以細菌為最常見，如淋球菌、非淋球菌等。細菌的侵入途徑主要有三種。
一是血行感染，臨床上發現，細菌性攝護腺發炎90%以上是由於微生物感染所致。
二是淋巴感染，比如下尿路感染和結腸、直腸的炎症可通過淋巴管道而感染攝護腺，產生炎症。
三是直接蔓延，男性排尿時，尿液要經過攝護腺，尿中的細菌可直接進入攝護腺，從而導致攝護腺感染。
原因之四、焦慮、抑鬱、恐懼
50%的慢性非細菌性攝護腺發炎病人有焦慮、抑鬱、恐懼、悲觀等過度緊張的症狀。而伴有疼痛及神經衰弱的攝護腺病人常常過於誇大軀體的不適和疼痛，自覺症狀往往大於實際病情，這種情況被稱為“緊張型攝護腺發炎”。而心理因素又與年齡的大小有關，年輕患者精神負擔明顯重於年齡大的患者，這種情況往往直接影響到藥物治療的效果。
原因之五、免疫性因素、過敏
研究表明，慢性攝護腺發炎與自身免疫因素有一定關系。
