慢性攝護腺發炎的症狀五花八門，有些症狀，如腰痛容易與骨科疾病相混淆；另一些症狀如直腸墜脹容易與肛腸疾病相混淆；而腹股溝、睪丸不適又容易與陰囊內的病變相混淆。那麼，如何診斷慢性攝護腺發炎，將慢性攝護腺發炎與其它易混淆的疾病區別開來呢？
首先應該了解病史，多數患者在慢性攝護腺發炎的診斷之前都會有過尿路感染的病史，出現過尿頻、尿痛等尿道炎的症狀。有些人曾有過慢性攝護腺發炎的一些症狀，隻是誤診為骨科或者肛腸科疾病而沒有得到診斷。
其次要詢問症狀，雖然有一部分慢性攝護腺發炎患者僅僅有單一症狀甚至全無症狀，但是大多數患者多有兩個，甚至兩個以上的症狀，可稱之為慢性攝護腺發炎的症候群。出現攝護腺發炎症候群的患者，應注意認真給予檢查，即使一次或某項檢查陰性，也不能輕易除外該病。
然後要進行直腸指檢，醫生用手指伸進患者的肛門內檢查。發現攝護腺表面不平，質硬，有局限性壓痛提示攝護腺發炎症；醫生同時做攝護腺按摩，按出的攝護腺液中白細胞數目超過每個高倍視野15個有診斷價值。
在這裡有兩點需要特別強調指出的：
1、非專科醫生因種種原因往往不做肛檢，僅憑患者的主觀症狀就輕率診斷慢性攝護腺發炎，這是非常有害的，不但使不少並非本病的患者長期服藥，造成很大的麻煩和浪費，而且還使他們承受藥物副作用的傷害和精神上的痛苦。
2、一次攝護腺鏡檢陰性並不能除外慢性攝護腺發炎，這是因為慢性攝護腺發炎本來就可以時重時輕，而且在檢查時流出的一、兩滴攝護腺液也可能恰好不是炎症病灶處的分泌液。
