這種陰莖勃起通常發生在間歇性的眼球快速運動期，即做夢的階段。這時陰莖勃起通常不受心理因素的幹擾，能較實在地表現出男子性功能狀況。臨床上，這種勃起軟硬情況，對性功能的研究及治療，提供了極重要的指標。
一般來說，男性每天晚上會有三到五次的勃起，每次勃起時間平均15分鐘，但也有長達1小時之久的。只要神經、血管及陰莖海綿體結構與功能正常，就會有勃起現象。
臨床上在診斷男性是否有器質性ED時，還會用專業硬度儀檢查夜間勃起狀況。儀器體積約有手掌大，可固定在大腿上，另有兩個皮環套在陰莖的頭部及底部。可以記錄一個晚上陰莖勃起的次數及每次勃起的時間與硬度。這種檢查對於生理性及心理性ED鑒別診斷非常重要。有些ED患者做過這種檢查後，會發現自己其實沒有勃起障礙，ED問題也就不治而愈了。
目前還有一位德國醫生提出，男子在疾病期間，清晨陰莖勃起的現象會消失；當身體康復後，清晨陰莖勃起的現象又重新出現。
不過，自行觀察清晨勃起狀況的做法並不客觀，男子更不能只憑這一點就自行診斷自己是否ED了。有時候過度疲勞、身體有其他方面問題時，也可能導致夜間勃起異常。如果因此產生無謂的擔心，就會走入越擔心越不行，越不行越擔心的惡性循環，甚至真的出現ED。
