引起攝護腺發炎的真菌感染以酵母菌最為常見，其中念珠菌屬的白色念珠菌、克柔念珠菌、近平滑念珠菌、類星型念珠菌、熱帶念珠菌、高裡念珠菌等是比較常見的菌種。此外，也有新生隱球菌感染引起攝護腺發炎的報道。
真菌感染的主要原因是長期大量使用抗生素以及人類飲食結構的改變。許多人由於各種各樣的原因而長期大量地服用抗生素，造成了許多組織器官內的正常菌群被大量殺滅，而真菌對抗生素是不敏感的，因此得以在很“充裕”的空間和營養條件下“放肆”地大量繁殖，讓人們飽嘗各種各樣的痛苦與難受。
由於生活水平的不斷提高，人們的飲食習慣也有所變化，一些人的飲食已經從肉類和脂肪逐漸轉移到富含碳水化合物的食品，而長期大量食人糖類食品可以促進真菌感染的發生。
真菌感染的醫源性因素變得越來越重要，尤其是近幾十年來的長期不規范使用或濫用抗生素的情況下常可發生黃曲黴菌、青黴菌、單孢子菌等多種真菌感染引起攝護腺發炎的情況。真菌感染通常為寄生於尿道菌群的內源性感染，在菌群失調情況下也可發生外源性感染或繼發感染。真菌感染攝護腺後常常形成隱性感染，但在混合感染或機體抵抗力降低等情況下可轉變為顯性感染，並以引起慢性攝護腺發炎為最常見。
