臨床攝護腺肥大症表現為不同程度的排尿症狀，但也不能把年長人群中出現的排尿不暢症狀都歸罪於攝護腺肥大症。
根據有關攝護腺肥大症流行病學調查，40-49歲年齡段的男性中臨床攝護腺肥大症的發病率僅為10.2%，因為50歲以下男性中出現下尿路症狀時，不宜將攝護腺肥大症列為第一考慮的診斷。有一些中青年病人表現的下尿路症狀如尿頻、排尿躊躇或間斷性排尿等酷似攝護腺肥大症，這些症狀的出現是由於膀胱頸部張力增加的緣故，它既可以發生於攝護腺肥大症。
也可以發生於其他尿路疾病，其中最常見的是慢性攝護腺發炎綜合征，這類病人中有的由於攝護腺內的分泌物瀦積，攝護腺體積很飽滿，超音波檢查時也發現比正常的大一些。鑒別診斷有賴於有經驗的泌尿外科醫生從直腸指診中觸摸攝護腺的質地，攝護腺分泌物檢查，再結合臨床進行分析。不做直腸指診，單獨依靠超音波來診斷攝護腺肥大症，這種診斷程序是不規范的，它可能使醫生做出錯誤診斷，以至貽誤病情。
病人如有神經系統疾病，或糖尿病沒有得到控制，都可以引起支配膀胱的神經發生病變，影響膀胱逼尿肌排尿功能，以及逼尿肌和膀胱頸不能協調，從而出現排尿障礙或膀胱不穩定的症狀。對這類病人來說，詳細的神經系統和尿動力學檢查是十分必要的，即使病人確實有攝護腺肥大症，盲目地進行攝護腺手術，其治療效果也可能是很差的，因為攝護腺肥大症並不一定是引起排尿功能紊亂的罪魁禍首。有盆腔手術或創傷病史的病人由於盆腔神經受到損傷，也可以發生上述類似的情況，醫生進行治療時不可不慎。
攝護腺肥大症病人發生肉眼血尿時，應該行整個泌尿系統的檢查，排除了惡性腫瘤以後，才能考慮血尿來自攝護腺肥大症。醫生千萬不能粗心大意，使病人失去惡性腫瘤及時治療的機會。
病人向醫生提供病史時，要仔細回憶用過哪些藥物，因為不少藥物是可以影響排尿功能的。如果有性傳播疾病病史也不要隱瞞，一些性傳播疾病引起下尿路後遺症也會引起排尿症狀，混淆攝護腺肥大症症的診斷。
