為明確診斷及鑒別診斷，可選擇的檢查有：精液分析或細菌培養、攝護腺特異性抗原、尿細胞學、經腹或經直腸超音波（包括殘餘尿測定）、尿流率、尿動力學、CT、MRI、尿道膀胱鏡檢查和攝護腺穿刺活檢等。具體診斷方法如下：
1、病史采集
詢問患者的病史，幫助確診疾病。
2、體格檢查
直腸指檢可了解攝護腺大小、質地、有無結節、有無壓痛及其范圍與程度，盆底肌肉的緊張度、盆壁有無壓痛，按摩攝護腺獲得攝護腺液。
3、四杯試驗
本試驗在攝護腺發炎的診斷中具有重要臨床意義。具體方法：收集尿液以前囑病人多飲水，包皮過長者應將包皮上翻。清洗陰莖頭、尿道口後，病人排尿並收集尿液10ml，繼續排尿約200ml後收集中段尿10ml，然後停止排尿，做攝護腺按摩並收集攝護腺液，最後再次收集尿液10ml。將各標本分別做鏡檢和培養，通過以上標本細菌菌落數量的比較，可鑒別是否有攝護腺發炎或尿道炎。
4、實驗室檢查
（1）攝護腺按摩液（EPS）常規檢查：正常的EPS中白細胞<10個/HP，卵磷脂小體均勻分佈於整個視野，pH 6.3～6.5，紅細胞和上皮細胞不存在或偶見。當白細胞>10個/HP，卵磷脂小體數量減少，有診斷意義。
（2）尿常規分析及尿沉渣檢查：尿常規分析及尿沉渣檢查是排除尿路感染、診斷攝護腺發炎的輔助方法。
（3）細菌學檢查：慢性攝護腺發炎推薦“兩杯法”或“四杯法”病原體定位試驗。
（4）其他病原體檢查：包括沙眼衣原體和支原體檢查。
5、器械檢查
（1）超音波：盡管攝護腺發炎患者超音波檢查可以發現攝護腺回聲不均，攝護腺結石或鈣化，攝護腺周圍靜脈叢擴張等表現，但目前仍然缺乏超音波診斷攝護腺發炎的特異性表現，也無法利用超音波對攝護腺發炎進行分型。
（2）尿動力學：首先，尿流率，尿流率檢查可以大致了解患者排尿狀況，有助於攝護腺發炎與排尿障礙相關疾病進行鑒別。其次，尿動力學檢查，可以發現膀胱尿道功能障礙。
（3）CT和MRI對鑒別精囊、射精管等盆腔器官病變有潛在應用價值，但對於攝護腺發炎本身的診斷價值仍不清楚。
6、鑒別診斷
慢性攝護腺發炎缺乏客觀的、特異性的診斷依據，臨床診斷時應與可能導致骨盆區域疼痛和排尿異常的疾病進行鑒別診斷，以排尿異常為主的患者應明確有無膀胱出口梗阻和膀胱功能異常。需要鑒別的疾病包括：良性攝護腺肥大症、睪丸附睪和精索疾病、膀胱過度活動症、神經源性膀胱、間質性膀胱炎、腺性膀胱炎、性傳播疾病、膀胱腫瘤、攝護腺癌、肛門直腸疾病、腰椎疾病、中樞和外周神經病變等。
