慢性攝護腺發炎難治是不爭的事實。 其原因包括包皮過長或包莖、治療過程中再次發生不潔性交或性伴侶未同時治療、攝護腺結石等，而不伴有這些原因的慢性攝護腺發炎患者，治療則較容易見效。 因此，治療慢性攝護腺發炎不能太心急，一定要先查明病因。
原因一、包皮過長或包莖。
包皮過長或包莖患者包皮內潮濕，不但窩藏大量病原體，而且易引發龜頭炎、尿道炎，部分患者甚至可合並尿道口狹窄，導致排尿時尿道內壓力增高，排尿受阻，病原體隨尿液逆行而上引起感染。
原因二、發生不潔性交。
在治療過程中，如果不潔身自愛，再次發生不潔性交或性伴侶未同時接受治療又未停止性生活，發生再次感染的可能性很大，結果導致病情反復發作。
原因三、攝護腺結石。
攝護腺結石可壓迫攝護腺導管，引起攝護腺液淤積，病原體持續存在，引起攝護腺發炎反復發作。
原因四、治療不規范。
不規范治療或長期濫用抗生素，可導致菌群失調，使條件致病菌或耐藥菌株肥大症，嚴重者可引起真菌二重感染。 此外，由於慢性攝護腺發炎多伴有多種病原體感染，如果忽視合理治療，也可引起攝護腺發炎反復發作，不易治療好。因此，規范抗生素應用及正規治療是當務之急，患者應到正規醫院看病，使一些不正規醫院或診所無機可乘，避免治療不規范及濫用抗生素。
原因五、心理抑鬱或焦慮。
研究發現，慢性攝護腺發炎患者因久治不愈而產生心理問題，加重了抑鬱及焦慮情緒，甚至導致性生活減少，攝護腺液排出減少或不暢，也會加重病情。
原因六、不良生活習慣。
酗酒、大量吸煙、經常吃辛辣食物等不良習慣會造成治療好困難。平時，患者應多飲水，避免辛辣食物、煙酒等，以促使疾病早日治療好。
