臨床上診斷慢性攝護腺發炎主要依據病史、症狀和體檢，輔以實驗室檢查。對反復發作者需作膀胱尿道造影，靜脈腎盂造影，內窺鏡檢查、膀胱測壓等，以進一步了解其他部位存在的病變。
1、既往史：有尿道炎、尿道梗阻、尿路感染以及攝護腺發炎病史。
2、症狀：凡有尿路刺激症狀，睪丸及腹股溝、腰骶、會陰疼痛酸脹不適，以及查體無其他發現者，均應考慮到慢性攝護腺發炎的診斷。
3、肛診：慢性攝護腺發炎患者的攝護腺多有輕度增大，表面軟硬不均，有輕壓痛。有的患者攝護腺表面可觸及硬節樣凸起，但並不堅硬，這是纖維化的一種表現，中央溝存在。
4、實驗室檢查：包括攝護腺液常規檢查、尿液和攝護腺液的分段定位培養，攝護腺液ph值及鋅含量測定、攝護腺組織活檢及培養、血清抗體滴度，後三者在臨床上較少使用，但有科研意義。
5、必要時可行尿道鏡檢查：尿道呈慢性炎性改變，
