在攝護腺發炎患者中僅5%有細菌感染的證據。無感染證據的患者中，一部分患者攝護腺分泌物白細胞增多。這些證據表明攝護腺內的炎症反應（雖然無感染）是引起攝護腺發炎症狀的原因。其他的一些攝護腺發炎患者甚至沒有炎性改變。
攝護腺發炎的病因多種多樣，不同的攝護腺發炎類型其病因不一。細菌性攝護腺發炎的發病中感染因素占主導地位，在非細菌性攝護腺和攝護腺痛的發病中，感染因素可能是一引起或初始作用因素，而非感染性因素可能占主導作用。
急性細菌性攝護腺發炎：急性細菌性攝護腺發炎導致部分或整個攝護腺明顯炎症，大致分3個階段：
①充血期：後尿道、攝護腺管及其周圍間質組織表現充血、水腫及圓細胞浸潤，有成片分葉核粒細胞。腺管上皮細胞時有肥大症及脫屑。
②小泡期：炎症繼續發展，攝護腺管和小泡水腫及充血更明顯，攝護腺小管和腺泡膨脹，形成許多小型膿腫。
③實質期：微小膿腫逐漸增大，侵入更多的實質和周圍基質，這種情況以葡萄球菌感染較多見。
單純的急性攝護腺發炎而不伴有任何慢性攝護腺發炎的病理表現的並不常見，隻占攝護腺發炎的13.1%～20%，大多數病例是與慢性攝護腺發炎同時存在。
攝護腺發炎的致病菌以大腸埃希桿菌為主，約占80%，其次為變形桿菌、克雷白桿菌、腸桿菌、假單胞菌屬、沙雷菌。革蘭陽性菌除腸球菌外很少致病。
此外，淋球菌、結核菌、真菌、滴蟲亦可導致相關的攝護腺發炎。沙眼衣原體，解脲支原體和人型支原體等，對攝護腺發炎的致病作用目前尚有爭議。淋菌性攝護腺發炎發病近年有逐漸增加趨勢。
