常見的病原體包括細菌、真菌、支原體、衣原體、放線菌、寄生蟲以及病毒等，其中以細菌感染最為常見，細菌感染是細菌性攝護腺發炎的病因。細菌可以單獨感染，也可以與兩種以上的細菌混合感染。
一種或多種細菌與真菌、支原體或衣原體混合感染的情況是比較常見的。人體乳頭瘤病毒、單純皰疹病毒Ⅱ型和人類巨細胞病毒與慢性攝護腺發炎有密切關系。陰道毛滴蟲是引起攝護腺發炎較為常見的病原體之一。
包蟲、絲蟲或阿米巴原蟲感染引起的攝護腺發炎也有報道。放線菌可以引起攝護腺的慢性感染，主要是由於內源性感染所致。克雷白菌以及假單胞菌屬等也可成為慢性細菌性攝護腺發炎的致病菌。
革蘭陽性細菌是攝護腺液細菌培養中較常發現的微生物，並有報道其作為明顯致病菌的病例，尤其是對部分培養僅為革蘭陽性菌（不包括腸球菌）的患者進一步研究表明可重復發作慢性細菌性攝護腺發炎，且這些病原菌能夠引起泌尿系統感染，這是革蘭陽性細菌引起慢性攝護腺發炎的一個顯著特點。
但革蘭陽性細菌是否可以引起攝護腺發炎還存在爭議，多數學者認為類腸球菌可以引起慢性攝護腺發炎，並與復發性腸球菌尿有關，而其他革蘭陽性細菌在攝護腺發炎中的病因作用，如凝固酶陰性的葡萄球菌、鏈球菌、細球菌、類白喉桿菌尚不確定。
這種革蘭陽性細菌普遍存在於正常的皮膚黏膜，主要存在於正常男性的前尿道，一般認為它們是共生細菌，而非致病菌。
