對於慢性細菌性攝護腺發炎患者，在治療方面可選用效果較好的抗菌藥物：復方新諾明、紅黴素、多西環素、頭孢拉定、氧氟沙星、左旋氧氟沙星等。一般主張單一給藥，服藥時間1—2個月，並在醫生指導下，配合其他輔助治療。
臨床上，診斷和鑒別慢性非細菌性攝護腺發炎，要作支原體和衣原體檢測。對於慢性非細菌性攝護腺發炎，如明確是由於支原體、衣原體引起者，通常采用米諾環素、紅黴素，會有一定療將近，療程2—3個月。此外，還可以采用熱水泡澡等輔助治療。
慢性細菌性攝護腺發炎是最為常見的男性生殖器官感染性疾病，主要致病細菌為大腸肝菌。與急性細菌性攝護腺發炎所不同的是，細菌入侵後，由於細菌毒力不太兇猛，攝護腺還能與細菌作抵抗，起病速度就不如急性細菌性攝護腺發炎那般迅速，病程就顯得遷延而漫長了。
慢性細菌性攝護腺發炎主要表現為：
全身症狀：易疲倦乏力，腰背酸痛，另外，容易引起神經衰弱、精神緊張、記憶力減退、頭昏與失眠。
局部症狀：排尿不適，有輕度尿頻、尿急現象。此外，還有勃起障礙、性慾低下、早洩、遺精等現象。
