慢性攝護腺發炎的治療是臨床上十分棘手的一項工作。其原因除了該病的病因復雜，尚未完全清楚之外，還與以下幾個因素有關。
1、解剖因素
① 攝護腺的位置深在，其分泌液需經攝護腺管排入尿道後再排出體外。攝護腺組織可以分成中央區和外周區，中央區的攝護腺管與射精管平行進入尿道，分泌物容易排出。外周區的攝護腺管與尿道呈直角或斜行進入尿道，分泌物不易順暢排出；相反，病原微生物反而容易逆行進入腺體。
② 攝護腺內局灶性炎症不易診斷，而且常因病灶周圍有腋痕包繞並缺少血管，是藥物治療不良的原因之一。
③ 攝護腺內的炎症病灶不一定與尿道相通，因此引流不暢致炎症不易消退。
④ 因毗鄰關系慢性攝護腺發炎常與慢性尿道炎、膀胱炎以及精囊炎同時存在，互為因果。
2、生理病理因素
① 攝護腺體表面有一層脂質包膜，大多數抗生素難以透過這層包膜進入攝護腺體內發揮治療作用。
② 病灶及其周圍硬化，不利於藥物擴散。
③ 迄今對攝護腺感染的原因尚未完成清楚，預防、治療均感困難。
④ 男青年性興奮性強，較頻繁的性沖動可引起攝護腺反復充血；未婚男青年缺乏規律生活可導致攝護腺液難以規律地引流，產生淤滯、發炎。
⑤ 慢性攝護腺發炎並非全因細菌感染所致病，還有病毒、支原體等多種病原微生物侵入引起的感染和無任何病原微生物入侵的無菌性攝護腺發炎。
顯然，非細菌性感染引起的攝護腺發炎和無菌性攝護腺發炎用抗生素治療當然無效，這也是臨床醫生慣用抗生素治療慢性攝護腺發炎療效欠佳的一個重要原因。
