攝護腺結核的治療和全身結核病的治療方法相同，必須包括全身治療和抗癆藥物治療。攝護腺結核用抗癆藥物治療有較好的效果。治療方法與腎結核的治療相同，采用以異煙肼、鏈黴素、利福平等為主的兩種或三種藥物聯合應用。一般經驗認為，治療療程為6～12個月。
治療好的標準是尿液或攝護腺液結核菌塗片和培養均為陰性，泌尿生殖系統結核症狀及體征全部消失。
1）一般治療：
包括休息、適當營養、避免勞累等
2）藥物治療：
攝護腺結核藥物治療效果較好。用藥時間6個月，也可按攝護腺液、精液結核桿菌培養結果來幫助估計用藥期限。目前治療方案可參考國際抗癆協會推薦的短程化療。治療好標準是攝護腺液結核桿菌培養陰性，臨床症狀與體征消失。
3）手術治療：
攝護腺結核一般不主張作攝護腺切除術，因為現代抗癆藥物治療大多能控制病變，而且這類手術需將攝護腺連同附睪、輸精管、精囊等一並切除，手術范圍大，有一定危險，甚至術後會引起結核性會陰尿道瘺，傷口不愈合。隻有當攝護腺結核嚴重、廣泛空洞形成、幹酪樣變性或造成尿路梗阻，用一般藥物治療不能緩解時，或者攝護腺結核寒性膿腫已引起尿道、會陰部賽道時，可考慮作攝護腺切除術。
攝護腺結核伴有附睪結核的病例，如果藥物治療無效，可考慮作附睪切除術，對攝護腺結核的治療也有好處，附睪切除後，攝護腺結核多可逐漸愈合。
