對於某些抗生素治療有效，但屢次停藥後復發者可以進行長期或終生治療來預防攝護腺發炎的再次發生。 攝護腺發炎患者治療好後短期內雖然已將攝護腺內的病原體完全清除，但並不表示由於感染所致的攝護腺組織損傷完全修復。在疾病恢復期間一段時間內的攝護腺往往可能處在一種亞健康狀態，比一般人群更容易再次感染病原體或再次造成攝護腺的明顯充血狀態，而使攝護腺發炎的症狀再度出現。
防止病原體的重新感染是醫生和治療好患者尤其需要注意的問題，但絕不可以采用經驗性長期抗菌藥物治療。可采取的有效措施包括保持會陰部的清潔和幹燥、避免過度勞累、在無菌陰莖套保護下進行有規律的性生活或定期在性興奮時排除精液、加強營養、改善機體的健康狀況、適當的體育鍛煉、增強機體的抵抗力等。
這些措施不但可以幫助患者有效地緩解生理與心理方面的症狀，而且有助於預防細菌等病原微生物的重新感染。 此外，在有效治療好的攝護腺發炎患者中，經過相當長的一段時間後，一部分人仍然可能會再次發生或多次發生攝護腺發炎症狀的情況。
其原因可能是造成他們患攝護腺發炎的某些易感因素依然存在，例如與這類患者全身抵抗力降低、衛生狀況較差、不良生活習慣、不潔性行為等因素有關，此時可以發生某些病原微生物、條件致病菌或尿道正常菌群的感染或重新感染。
因此，可以根據個體化的原則，針對具體的患者制定全面有效的預防攝護腺發炎的詳細計劃，並監督執行，會收到良好的效果。
