通過對攝護腺發炎患者臨床的表現，以及病原菌實驗研究發現，攝護腺發炎可分為細菌性和非細菌性兩類，而細菌性攝護腺發炎又可分為急性及慢性。
急性患者的病原菌大多為大腸埃希菌或其他腸桿菌科細菌，少數可為淋病奈瑟球菌或沙眼衣原體；慢性患者的病原菌除大腸埃希菌或其他腸桿菌科細菌外，亦可為腸球菌屬。對於不同類型的攝護腺發炎治療原則也是不同的。
1、慢性攝護腺發炎患者的病原菌檢查可取攝護腺液做細菌培養，但不宜對急性攝護腺發炎患者進行攝護腺按摩取攝護腺液，以防感染擴散，可取中段尿細菌培養作為參考。
2、應選用能覆蓋可能的病原菌並能滲透至攝護腺內的抗菌藥物進行經驗治療。獲知病原菌後，根據藥敏試驗結果調整用藥。
3、宜選用在攝護腺組織和攝護腺液中可達到有效濃度的抗菌藥物，如氟喹諾酮類、復方磺胺甲噁唑、大環內酯類、四環素類等。在急性感染期，氨基糖苷類、頭孢菌素類也能滲入炎性攝護腺組織，達到一定藥物濃度，故上述藥物在急性期時也可選用。
4、細菌性攝護腺發炎治療較困難，療程須較長，急性細菌性攝護腺發炎需4周，慢性細菌性攝護腺發炎需1～3個月。一般為4～6周。
5、部分病情嚴重的患者需行攝護腺切除術。
